Les activités du LBAE concernent l'étude de systèmes microbiens complexes d’intérêt biotechnologique dans le domaine environnemental (biofilms, boues, flocs, granules) pour l’optimisation de processus d’épuration biologiques et pour la valorisation du carbone résiduaire (eau, déchets).
Différentes approches (biochimiques, microbiologiques et de biologie moléculaire) sont mises en œuvre à différentes échelles, de la bactérie planctonique à la matrice biologique active, afin de caractériser, comprendre, maîtriser et valoriser les activités métaboliques de ces systèmes. Actuellement, le laboratoire se focalise notamment sur les activités responsables de la production de biopolymères
Sa vocation est de développer les connaissances sur le fonctionnement et la dynamique de la biosphère continentale à différentes échelles spatiales et temporelles.
Recherches dans le domaine de l'observation (in situ et depuis l'espace) et de la modélisation des écosystèmes, participation à la définition de missions spatiales et traitement des données acquises par satellite.